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必须的参数：
--seqType     reads的类型：(cfa, cfq, fa, or fq)
--JM          jellyfish使用多少G内存用来进行k-mer的计算，包含‘G’这个字符
--left        左边的reads的文件名
--rigth       右边的reads的文件名
--single      不成对的reads的文件名

可选参数：

Misc：
--SS_lib_type        reads的方向。成对的reads: RF or FR; 不成对的reads
: F or R。在数据具有链特异性的时候，设置此参数，则正义和反义转录子能得到区分。默认
情况下，不设置此参数，reads被当作非链特异性处理。FR: 匹配时，read1在5'端上游, 
和前导链一致, read2在3'下游, 和前导链反向互补. 或者read2在上游, read1在下游反
向互补; RF: read1在5'端上游, 和前导链反向互补, read2在3'端下游, 和前导链一致;
--output             输出结果文件夹。默认情况下生成trinity_out_dir文件夹并
将输出结果保存到此文件夹中。
--CPU                使用的CPU线程数，默认为2
--min_contig_length  报告出的最短的contig长度。默认为200
--jaccard_clip       如果两个转录子之间有UTR区重叠，则这两个转录子很有可能在
de novo组装的时候被拼接成一条序列，称为融合转录子(Fusion Transcript)。如果有
fastq格式的paired reads，并尽可能减少此类组装错误，则选用此参数。值得说明的是：
1. 适合于基因在基因组比较稠密，转录子经常在UTR区域重叠的物种，比如真菌基因组。而对
于脊椎动物和植物，则不推荐使用此参数; 2. 要求fastq格式的paired reads文件(文件
中reads名分别以/1和/2结尾，以利于软件识别)，同时还需要安装bowtie软件用于reads
的比对; 3. 单独使用具有链特异性的RNA-seq数据的时候，能极大地减少UTR重叠区很小的
融合转录子; 4. 此选项耗费运算，若没必要，则不用此参数。
--prep               仅仅准备一些文件(利于I/O）并在kmer计算前停止程序运行
--no_cleanup         保留所有的中间输入文件
--full_cleanup       仅保留Trinity fasta文件，并重命名成${output_dir}.
Trinity.fasta
--cite               显示Trinity文献引证和一些参与的软件工具
--version            报告Trinity版本并推出

Inchworm 和 K-mer 计算相关选项：
--min_kmer_cov      使用Inchworm来计算K-mer数量时候，设置的Kmer的最小值。
默认为1
--inchworm_cpu      Inchworm使用的CPU线程数，默认为6和--CPU设置的值中的
小值。

Chrysalis相关选项：
--max_reads_per_graph   在一个Bruijn图中锚定的最大的reads数目，默认为200
000
--no_run_chrysalis      运行Inchworm完毕，在运行chrysalis之前停止运行
Trinity
--no_run_quantifygraph  在平行化运算quantifygrahp前停止运行Trinity

Butterfly相关选项：
--bfly_opts                    Butterfly额外的参数
--max_number_of_paths_per_node 从node A -> B,最多允许多少条路径。默认
为10
--group_pairs_distance         最大插入片读长度，默认为500
--path_reinforcement_distance  延长转录子路径时候，reads间最小的重叠碱基
数。默认PE:75; SE：25
--no_triplet_lock              不锁定triplet-supported nodes
--bflyHeapSpaceMax             运行Butterfly时java最大的堆积空间，默认
为20G
--bflyHeapSpaceInit            java初始的堆积空间，默认为1G
--bflyGCThreads                java进行无用信息的整理时使用的线程数，默
认由java来决定
--bflyCPU                      运行Butterfly时使用的CPU线程数，默认为2
--bflyCalculateCPU             计算Butterfly所运行的CPU线程数，由公式
 80% * max_memory / maxbflyHeapSpaceMax 得到
--no_run_butterfly             在Chrysalis运行完毕后，停止运行Butterfly

Grid-computing选项：
--grid_computing_module   选定Perl模块，在/Users/bhaas/SVN/trinityr
naseq/trunk/PerlLibAdaptors/。